虽然实验室超纯水机安装与操作较为简单，但有些技术流程步骤不可忽视，操作不当将直接影响产水质量甚至会影响实验结果。
设备安装
实验室超纯水机应安装在防水台面或特制的车架上，远离有源仪器设备。在不与RO纯水机组合使用的情况下，供水容器要高于纯水机组合使用的情况下，供水容器要高于纯水机10-20cm，采用无毒硬质，避免过多的中间接口以防止水污染或污垢积聚，供水容器要洗刷干净并用蒸馏水或RO水涮洗处理，出水口处下方需放置积水盘。
电源连接
直接将主机电源线插到墙壁电源插座，但必须保证电源确有底线，如果未接地线应将主机另行接地;使用接线板为防水插座或置接线板远离可能溅到水的区域。
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装载或更换纯水柱
在断电或电源开关关闭状态下完成装载或更换纯水柱，事先核对纯水柱的规格型号是否与本机性能要求相符，检查纯水柱接口端的密封胶圈有否脱落并置于是当的对接位置。
操作注意事项
必须保证装入源水容器内是双蒸水或RO水，电导率<10μS/CM@25℃或低水温在5-35℃之间;且不要把转运容器中的水底倒入源水容器，以免残留在水桶或其他容器底部的颗粒或絮状物进入纯水柱导致柱效降低。
实验室超纯水机运行
开机后仪器会运行除气泡程序，耗时约为5min，约需15L水。如果配置了UF组件仪器则随之进入清洗程序，约需60min之后，在预操作转态下过夜或至少维持数小时，仪器自循环清洗纯化柱。次日，进入超纯水机操作转台，产水10-15L后置预操作状态待用。